2017

  1. Boldyreva L, Goncharov F, Demakova O, Zykova T,Levitsky V, Kolesnikov N, Pindyurin A, Semeshin V, Zhimulev I. Protein and Genetic Composition of Four Basic Chromatin Types in Drosophila melanogaster , Cell Lines, Current genomics, DOI: 10.2174/1389202917666160512164913
  2. Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A., Afonnikov, D.A. High temperature and pressure influence the interdomain orientation of Nip7 proteins from P. abyssi and P. furiosus: MD simulations J. Biomol. Struct. Dyn. DOI: 10.1080/07391102.2016.1268070
  3. Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y., Grosse I., Mironova V.V. The Interplay of Chromatin Landscape and DNA-Binding Context Suggests Distinct Modes of EIN3 Regulation in Arabidopsis thaliana. Front. Plant Sci. 7:2044. doi: 10.3389/fpls.2016.02044
  4. Komyshev E.G., Genaev M.A., Afonnikov D.A. Evaluation of the SeedCounter, a mobile application for grain phenotyping. Front. Plant Sci., 7:1990. doi: 10.3389/fpls.2016.01990
  5. Mironova V.V., Teale W., Shahriari M., Dawson J., Palme K. The systems biology of auxin in developing embryos. Trends Plant Sci. doi: 10.1016/j.tplants.2016.11.010

2016

  1. Ignatieva, E. V., Afonnikov, D. A., Saik, O. V., Rogaev, E. I., & Kolchanov, N. A. A compendium of human genes regulating feeding behavior and body weight, its functional characterization and identification of GWAS genes involved in brain-specific PPI network. BMC Genetics, 17(3), 89.
  2. N.A. Omelyanchuk, V.V. Kovrizhnykh, E.A. Oshchepkova, T. Pasternak, K. Palme, V.V. Mironova. A detailed expression map of PIN1 auxin transporter in Arabidopsis thaliana root. BMC Plant Biol. 2016. 16:5.
  3. A.I. Klimenko, Y.G. Matushkin, N.A. Kolchanov, S.A. Lashin. Bacteriophages affect evolution of bacterial communities in spatially distributed habitats: a simulation study. BMC Microbiology. 2016. 16(Suppl 1):10.
  4. E.V. Zemlyanskaya, D.S. Wiebe, N.A. Omelyanchuk, V.G. Levitsky, V.V. Mironova. Meta-analysis of transcriptome data identified TGTCNN motif variants associated with the response to plant hormone auxin in Arabidopsis thaliana L. J. Bioinform. Comput. Biol. 2016. 14(2):1641009.
  5. E.V. Evtushenko, V.G. Levitsky, E.A. Elisafenko, K.V. Gunbin, A.I. Belousov, J. Šafář, J. Doležel, A.V. Vershinin. The expansion of heterochromatin blocks in rye reflects the co-amplification of tandem repeats and adjacent transposable elements. BMC Genomics. 2016. 17:337.
  6. V.G. Levitsky, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Klimova, E.V Ignatieva, G.V. Vasiliev, V.M. Merkulov, T.I. Merkulova. Hidden heterogeneity of transcription factor binding sites: A case study of SF-1. Comput. Biol. Chem. 2016. 64:19–32.
  7. A.V. Doroshkov, D.A. Afonnikov, O.B. Dobrovolskaya, T.A. Pshenichnikova. Interactions between leaf pubescence genes in bread wheat as assessed by high throughput phenotyping. Euphytica. 2016. 207:491-500, doi: 0.1007/s10681-015-1520-2.
  8. Sugawara T., Trifonova E.A., Kochetov A.V., Kanayama Y. Expression of an extracellular ribonuclease gene increases resistance to Cucumber mosaic virus in tobacco. BMC Plant Biol. 2016. 16(Suppl 3):246.
  9. Evtushenko E.V., Levitsky V.G., Elisafenko E.A., Gunbin K.V., Belousov A.I., Šafář J., Doležel J., Vershinin A.V. The molecular mechanisms of heterochromatin expansion in rye chromosomes. Cytogenetic and Genome Research. 2016. 148(2-3):91.
  10. Афонников Д.А., Генаев М.А., Дорошков А.В., Комышев Е.Г., Пшеничникова Т.А. Методы высокопроизводительного фенотипирования растений для массовых селекционно-генетических экспериментов. Генетика. 2016. 52(7):788-803.
  11. Жирнов И.В., Трифонова Е.А., Романова А.В., Филипенко Е.А., Сапоцкий М.В., Малиновский В.И., Кочетов А.В., Шумный В.К. Индуцированная экспрессия гена рибонуклеазы III Serratia marcescens в трансгенных растениях табака Nicotiana tabacum L. cv. SR1. Генетика. 2016. 52(11):1256-1261.
  12. Кочетов А.В., Шумный В.К. Трансгенные растения как генетические модели для изучения функций генов. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2016. 20(4):475-481.
  13. Посух О.Л., Бады-Хоо М.С., Зыцарь М.В., Михальская В.Ю., Лашин С.А., Барашков Н.А., Романов Г.П. Роль социально-демографической структуры сообществ глухих людей в распространенности наследуемых форм потери слуха. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2016. 20(1):7-15.
  14. Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Савина М.С., Пастернак Т., Колчанов Н.А., Землянская Е.В. Системно-биологический анализ гена WOX5 и его функций в нише стволовых клеток корня. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2016. 20(4):459-474.
  15. Герасимова С.В., Смирнова О.Г., Кочетов А.В., Шумный В.К. Наработка рекомбинантных белков в клетках растений. Физиология растений. 2016. 63(1):31-43 (IPP 0,77)
  16. Землянская Е.В., Омельянчук Н.А., Ермаков А.А., Миронова В.В. Механизмы регуляции передачи этиленового сигнала у растений. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2016. 20(3):386–395.
  17. T.A. Pshenichnikova, A.V. Doroshkov, A.V. Simonov, D.A. Afonnikov, A. Börner. Diversity of leaf pubescence in bread wheat and relative species. Genet. Resour. Crop. Evol. 2016. DOI:10.1007/s10722-016-0471-3. (IPP 1,36).
  18. K.E. Medvedev, N.A. Kolchanov, D.A. Afonnikov. Identification of residues of the archaeal RNA-binding Nip7 proteins specific to environmental conditions. J. Bioinform. Comput. Biol. 2016. 14:1650036 DOI:dx.doi.org/10.1142/S0219720016500360.
  19. M. Ponomarenko, V. Mironova, K. Gunbin, P. Ponomarenko, V. Suslov, L. Savinkova. Hogness Box, In Reference Module in Life Sciences, Elsevier, 2017, ISBN: 978-0-12-809633-8, http://dx.doi.org/10.1016/B978-0-12-809633-8.06530-4 (Монография)
  20. Rogozin I.B., Lada A.G., Goncearenco A., Green M.R., De S., Nudelman G., Panchenko A.R., Koonin E.V., Pavlov Y.I. Activation induced deaminase mutational signature overlaps with CpG methylation sites in follicular lymphoma and other cancers. Sci Rep. 2016. 6:38133. doi: 10.1038/srep38133.
  21. Chernikova D., Managadze D., Glazko G.V., Makalowski ., Rogozin I.B. Conservation of the exon-intron structure of long intergenic non-coding RNA genes in eutherian mammals. Life. 2016. 6(3). pii: E27. doi: 10.3390/life6030027
  22. Shmakov N.A., Vasiliev G.V., Shatskaya N.V., Doroshkov A.V., Gordeeva E.I., Afonnikov DA., E K. Khlestkina. Indentification of nuclear genes controlling chlorophyll synthesis in barley by RNA-seq. BMC Plant Biol. 2016. 16(Suppl 3):245.
  23. Zubairova U., Nikolaev S., Penenko A., Podkolodnyy N., Golushko S., Afonnikov D., Kolchanov N. Mechanical behavior of cells within a cell-based model of wheat leaf growth. Front. Plant Sci. 2016. 7:1878. doi: 10.3389/fpls.2016.01878.
  24. Khoroshko V.A., Levitsky V.G., Zykova T.Y., Antonenko O.V., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F. Chromatin heterogeneity and distribution of regulatory elements in the late-replicating regions of Drosophila melanogaster chromosomes. PLoS One. 2016. 11(6):e0157147.
  25. Trut L.N., Herbek Yu.E., Trapezov O.V., Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Markel A.L., Kolchanov N.A. The animal domestication experiment as a model of the evolutionary process: a new insight into evolution under selection targeting regulatory systems // In: Korogodina V.L., Mothersill C., Inge-Vechtomov S.G., Seymour C. (eds). From “Green Pamphlet” to “Biosphere and Humanity”: The present time. Dedicated to N.W. Timofeeff-Ressovsky. The Springer, Netherlands.

2015

  1. Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. Bacteriophages affect evolution of bacterial communities in spatially distributed habitats: a simulation study BMC Microbiol
  2. Землянская Е.В., Омельянчук Н.А, Ермаков А.А., Миронова В.В Механизмы регуляции передачи сигнала этилена у растений Вавиловский журнал генетики и селекции
  3. Посух О.Л., Бады-Хоо М.С., Зыцарь М.В., Михальская В.Ю., Лашин С.А., Барашков Н.А., Романов Г.П. Роль социально-демографической структуры сообществ глухих людей в распространенности наследуемых форм потери слуха Вавиловский журнал генетики и селекции, 2015, Т. 19 0.38 DOI 10.18699/VJ15.098
  4. Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G. A web application for automatic prediction of gene translation elongation efficiency Journal of Integrative Bioinformatics, 2015, 12 (1): 256 0.43 DOI 10.2390/biecoll-jib-2015-256
  5. Ignatieva EV, Levitsky VG, Kolchanov NA. Human Genes Encoding Transcription Factors and Chromatin-Modifying Proteins Have Low Levels of Promoter Polymorphism: A Study of 1000 Genomes Project Data, Int J Genomics 2015, 2015:260159.
  6. Mironova V.V., Weinholdt C., Grosse I. RNA-seq data analysis for studying abiotic stress in horticultural plants. Chapter 14. In: Abiotic Stress Biology in Horticultural Plants. Y. Kanayama, A. Kochetov (eds.). 2015. P. 197-220. DOI 10.1007/978-4-431-55251-2_14
  7. Battulin N., Fishman V.S., Mazur A.M., Pomaznoy M., Khabarova A.A., Afonnikov D.A., Prokhortchouk E.B., Serov O.L. (2015) Comparison of the 3D organization of sperm and fibroblast genomes using the Hi-C approach. Genome Biology, 16:77
  8. Ovchinnikov V.Y., Afonnikov D.A., Vasiliev G.V., Kashina E.V., Sripa B., Mordvinov V.A., Katokhin A.V. (2015) Identification of microRNA Genes in Three Opisthorchiids. PLoS Negl. Trop. Dis., 9: e0003680.
  9. N.A. Omelyanchuk, V.V. Kovrizhnykh, E.A. Oshchepkova, T. Pasternak, K. Palme, V.V. Mironova A detailed expression map of PIN1 auxin transporter in Arabidopsis thaliana root BMC Plant biology 2015. Vol. 16. 1.22 DOI 10.1186/s12870-015-0685-0,
  10. Turnaev, I. I., Gunbin, K. V., & Afonnikov, D. A. (2015). Plant auxin biosynthesis did not originate in charophytes. Trends in plant science, 20(8), 463-465.
  11. Lada A.G., Kliver S.F., Dhar A., Polev D., Masharsky A., Rogozin I.B., Pavlov Y.I. Disruption of transcriptional coactivator Sub1 leads to genome-wide re-distribution of clustered mutations induced by APOBEC in active yeast genes. // PLoS Genet., 2015, V. 11, N 5, e1005217.
  12. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А. Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов.
    Вавиловский журнал генетики и селекции, 2014, т.18, № 4/2, с.876-886.