Наши результаты в 2015 году

1. Выявлены структурные особенности регуляторных элементов, обеспечивающих ответ на ауксин. Метод, разработанный в результате этой работы, является универсальным и будет использован для исследования других молекулярно-генетических механизмов со сложной регуляцией.
2. Уточнена эволюция путей биосинтеза ауксина у растений.
Харовые водоросли Klebsormidium flaccidum – единственные представители низших растений, у которых были обнаружены гомологи ферментов синтеза ауксина высших растений, и этот факт свидетельствовал в пользу гипотезы о вертикальном наследовании пути биосинтеза ауксина от многоклеточных водорослей к современным наземным растениям. Нами совместно с сотрудниками ИЦиГ СО РАН был проведен сравнительный анализ геномов водорослей, мхов и высших растений. Основываясь на результатах анализа доменного состава и реконструкции трехмерной структуры белков, а также детального филогенетического анализа было показано, что ранее обнаруженные у K. flaccidum гомологи ферментов синтеза ауксина в действительности таковыми не являются. Полученные нами результаты свидетельствует в пользу теории горизонтального наследования пути биосинтеза ауксина в момент выхода растений на сушу. По результатам работы опубликована статья, а также серия научно-популярных материалов.
3. Создана 3D карта экспрессии PIN1 транспортера ауксина в нише стволовых клеток корня A. thaliana. Совместно с лабораторией Клауса Palme (Freiburg, Germany) мы проводим системный анализ распределения ауксина в корне. По результатам этой работы опубликована статья
4. Разработана серия биоинформатических методов и подходов для анализа биологических данных.
В сотрудничестве с коллабораторами, сотрудниками лаборатории были разработаны методы для биоинформатического анализа транскриптомов, некодирующих РНК,полиморфизмов ДНК, 3D-организации хроматина. Разработаны алгоритмы и методы биоинформатического анализа данных полногеномной разметки и их привязка к известной аннотации структуры генов, включая проксимальную и дистальную части промотора, экзоны и интроны 5’-нетранслируемого района и т.д. , методы предсказания эффективности элонгации трансляции.